化藥研發起始于公司成立之初，早在2004年，盈科瑞已經取得了第一個化藥臨床批件。正式搭建于2015年，下設4個研發平臺，霧化吸入制劑研發平臺、納米&原位凝膠研發平臺、原料藥物研發平臺以及創新藥物研發平臺。

盈科瑞成立以來，獲得多個中藥臨床批件、新藥證書、生產批件，涌現了不少明星品種，例如金蓮清熱泡騰片、銀杏酮酯滴丸、心達康滴丸、膠體果膠鉍膠囊、雙黃連泡騰片和抗病毒咀嚼片等。

產業版塊搭建于2017年8月，主要開展中藥新藥、化藥新藥、無菌制劑等創新品種中試放大、生產工藝驗證、臨床樣品試制、質量檢測的創新型智能化創新醫藥中試驗證和產業化。

國際版塊搭建于2018年底，是盈科瑞研發的創新藥物和研發服務走向國際化，進行國際藥物注冊和國際知識產權保護的版塊，下設有藥物國際研發合作平臺和核酸藥物研發平臺。